Clary Fray es uno de los principales protagonistas de la serie. No es una mundana, si no una Nefilim, que entrega su vida de humana normal antes del comienzo de Ciudad de hueso. Con la ayuda de Jace Wayland, se entera que ella es en realidad una Nefilim tras sobrevivir a una runa colocada sobre ella, algo que ningún mundano podría resistir. Hija de Jocelyn Fray, fue nombrada Clarissa Adele ya que es lo que su madre quería. Desde el principio siente una conexión con Jace, la cual le lleva mantener una relación amorosa. Su mejor amigo, Simon ha sido siempre parte de su familia junto a Luke, un viejo amigo de Jocelyn que lleva con ellas desde que era pequeña.
Jace Herondale es uno de los personajes principales de Cazadores de Sombras. Él es un cazador de sombras que reside actualmente en el Instituto de Nueva York. Sarcástico, decidido y mortal, es uno de los mejores cazadores de su edad. Se enamora de Clary Fray mientras investigan su procedencia y el porqué no sabe que ella misma es una Nefilim. Actualmente, su familia son los Lightwood y su profesor, Hodge Starkweather, sin ningun familiar vivo tras el recuerdo de la muerte de su padre por parte de Valentine Morgenstern.
Simon Lewis es el mejor amigo de Clary desde mucho antes de que ambos se introduzcan en el mundo de los Cazadores de Sombras. Desde hace años está enamorado de Clary, pero su caracter tímido nunca le ha hecho saber sus sentimientos. Es el segundo de una familia judía, después de su hermana mayor Rebecca. Cuando el tenía seis años, conoció a Clary y es ahí cuando se hacen mejores amigos. Simon es el bajista de la banda (sin nombre definitivo) que ha formado con sus amigos Eric, Matt, Kirk.
Isabelle Lightwood es una de los principales protagonistas de Cazadores de Sombras. Nació en 1991 en Nueva York, hija de Robert Lightwood y Maryse Trueblood. Se crió en el instituto de Nueva York al igual que su hermano mayor Alexander Gideon y su hermano menor Maxwell Joseph hasta la llegada de Jace Wayland. Fue instruida por Hodge Starkweather. Tenía unos 9 años cuando su familia adoptó a Jace Wayland y, durante un breve lapso de tiempo, estuvo enamorada de él, pero Jace le dejó muy claro que la veía como hermana y compañera de equipo, por lo que después de esto comenzó a amarlo como hermano.
Alexander Lightwood es el hijo mayor de Robert y Maryse Lightwood. Dos años después de él, su hermana, Isabelle, nació, y su hermano menor, Max, nació cuando el tenía nueve años. Cuando tenía once años de edad, Jace Wayland fue adoptado en su familia y Alec pronto sintió una simpatía instantánea por Jace que, con el tiempo, se convirtió en una conexión parabatai. Siendo ambos los hijos mayores, Isabelle y Alec tienen una relación muy cercana y siempre están preocupados el uno por el otro. Alec nunca ha matado a un demonio y se dice que es porque que siempre está protegiendo y cuidando a Isabelle y a Jace.
Magnus Bane es el Gran Brujo de Brooklyn. Se dice que Magnus tiene aproximadamente 400 años de edad, aún cuando dice tener más ya que le gusta mentir con respecto a eso. Anteriormente, había vivido en una granja con su madre y su padrastro, donde se dice que sus padres le habían temido, incluso cuando había sido un niño pequeño. Se presentó por primera vez como el brujo que firmó la mente de Clary Fray. ya que había sido contratado por su madre, Jocelyn Fray, para borrar sus recuerdos con todo lo relacionado con el mundo de los Cazadores de Sombras.
Jocelyn es la madre de Clary. Secuestrada por Pangborn y Blackwell, antiguos miembros del Círculo y fieles a Valentine, van a su casa en busca de la Copa Mortal, la cual Jocelyn se había llevado con ella al escapar de Valentine. Era una cazadora de sombras aunque renunció y llegó hasta Manhattan, donde empezó su nueva vida junto su hija, como una mundana corriente. Se hizo artista para mantenerse a ella y a Clary, y decidió mantenerla alejada de todos los problemas y peligros sobrenaturales, evitando contarle nada de su pasado y ocultando cosas.
Luke creció en Idris con sus padres y su hermana mayor, Amatis. Cuando todavía era muy joven, su madre dejó a su familia para convertirse en una hermana de hierro, dejando a Luke ser criado por su hermana. Se convirtió en el mejor amigo de Jocelyn Fairchild. Cuando tenían la edad suficiente, él y Jocelyn fueron enviados a Alacante para entrenar y asistir a la escuela allí. No era un buen estudiante y tampoco era sociable porque era timido. En un momento dado, Valentine Morgenstern, un estudiante popular en la academia que era un año mayor que él, se ofreció para darle clases. Con el tiempo mejoró y Luke, junto con los otros "inadaptados" a los que Valentine había ayudado, lo idolatraban.
Tenía dieciséis años cuando se dio cuenta de que tenía sentimientos por Jocelyn; aunque nunca se lo dijo a alguien.
Valentine Morgenstern, es el único hijo vivo de una familia Nefilim ampliamente respetada. Un defensor contra los subterráneos, Valentine formó el círculo con el principal objetivo de librar al mundo de las hadas, hombres lobo, vampiros y brujos. Después de su fracaso inicial, su nuevo objetivo se convirtió en el perfeccionamiento y/o purificacion de los cazadores de sombras en su conjunto.Valentine nació del matrimonio de Seraphina Morgenstern y un cazador de sombras desconocido. Al parecer, fue criado en Idris y pasó su infancia en un valle no lejos del lago Lyn. Su padre lo crió como un guerrero, causando a Valentine tanto odio hacia él. Cuando tenía la edad suficiente, Valentine ingresó en la Academia de Cazadores de sombras en Alicante, donde destacó. Su buena apariencia, carisma y encanto lo hicieron popular entre el personal y los compañeros de instituto. Con su personalidad manipuladora y carismática, Valentine rápidamente ganó muchos seguidores. En particular, se hizo amigo de un gran grupo de estudiantes poco populares y marginados, con quienes pronto formó el Círculo, una organización con el objetivo de reformar tanto las leyes y la sociedad del mundo cazador de sombras.
